A sporadici materiali del Paleolitico medio e superiore trovati in grotte si contrappongono
i numerosi ritrovamenti, dal Neo-Eneolitico alla Età del Bronzo, di insediamenti palafitticoli sulle rive dei numerosi laghi della regione e anche di villaggi all'aperto. All'Eneolitico appartengono palafitte del Varesotto e del Comasco, villaggi all'aperto del Cremonese, i sepolcreti di Fontanella di Casalromano (Mantova) e di
Remedello Sotto (Brescia). Nell'Età del Bronzo più antico (intorno al 2000 a. C.) continuò la vita sulle palafitte (tra le più recenti quelle di Peschiera sul Garda). La fioritura della regione continuò nella prima Età del Ferro soprattutto nel Comasco e nella zona del Ticino con la cultura di Golasecca e della Ca' Morta. Dell'Età del Ferro sembra anche la maggior parte delle incisioni rupestri della Valcamonica, con figurazioni umane e animali, in gran parte di carattere religioso; le più antiche possono risalire all'Età del Bronzo o anche al Neolitico; molte sembrano essere però già di età storica, ispirate come sembra alla cultura gallica, altre romane o ancora posteriori.